Lagerräumung im April 1945
Die SS versuchte bis zuletzt mit allen Mitteln, die Befreiung überlebender Konzentrationslager-Häftlinge durch alliierte Truppen zu verhindern. Der Vormarsch der sowjetischen Armee führte zum Befehl Himmlers, alle Lager beim Herannahen der gegnerischen Truppen zu räumen und die Häftlinge in weiter westlich gelegene Konzentrationslager zu überführen. Bei den Evakuierungsmärschen, in den oft tagelang umherirrenden Transportzügen und in den völlig überfüllten Auffanglagern kamen zehntausende KZ-Häftlinge ums Leben.
Ab Ende März 1945 wurden auch in Melk Vorbereitungen getroffen, das Konzentrationslager zu evakuieren. Pläne, die Häftlinge in die Stollenanlage „Quarz“ zu treiben und durch Sprengung der Anlage zu ermorden, wurden nicht ausgeführt. Bereits am 2. April 1945 wurden 500 Melker KZ-Häftlinge zur Beseitigung von Bombenschäden nach Amstetten überstellt. Zwischen dem 11. und dem 15. April wurden die 7.401 noch im Lager lebenden Häftlinge abtransportiert. Die Kinder und die Revierkranken wurden am 11. April in das Hauptlager Mauthausen gebracht, alle weiteren Häftlinge transportierte die Lager-SS – aufgeteilt auf drei große Transporte, teilweise mit Lastwägen, teilweise mit dem Zug und teilweise mit Schiffen donauaufwärts – in das Außenlager Ebensee überstellt. Im Lager Melk wurden mindestens 30 schwerkranke transportunfähige Häftlinge kurz vor der Auflösung durch SS-Angehörige und Funktionshäftlinge ermordet, viele weitere Häftlinge kamen auf den Evakuierungstransporten ums Leben. Am 5. und 6. Mai wurden mit der Befreiung der Lager Ebensee und Mauthausen durch amerikanische Truppen auch die Überlebenden des Lagers Melk befreit.